NDH su formirali ustaše na čelu s Antom Pavelićem u travnju 1941. Ubrzo nakon njezine uspostave i nakon očitovanja ciljeva nove vlasti, uprava Franjevačkoga reda u Rimu poslala je 24. srpnja 1941. svim franjevačkim zajednicama u NDH iznimno važnu uputu kojom su određene smjernice za djelovanje franjevaca unutar te države. Zbog važnosti tog dokumenta i njegove aktualnosti, korisno ga je, barem na ovom mjestu, prenijeti u cijelosti. U dokumentu se traži:
1. Razborito ali odlučno nastojati, da se provede zaključak provincijalnog sastanka u Zagrebu od 10-12. juna o.g. prema kojem nijedan franjevac ne smije biti učlanjen u Ustaškom hrv. Pokretu. 2. Sa svom odlučnošću nastojati, da se franjevci bave samo duhovnim i svećeničkim poslovima, a svjetovne i političke poslove da prepuste svjetovnjacima i njihovoj odgovornosti.
3. Franjevci ne smiju imati nikakva udjela u progonima Srba i Židova, u oduzimanju njihovog imetka, pokretnog ili nepokretnog, u iseljavanju Srba u Srbiju i naseljivanju Hrvata u dosadašnjim srpskim naseljima.
Zaštita
4. Dosljedno tomu nijedan franjevac ne smije biti:
a) – u odborima i sudovima u istraživanju krivnje četnika i drugih Srba prema Hrvatima, te u izricanju kazna prema napred spomenutim,
b) – u odborima i uredima za naseljavanja Hrvata u srpskim naseljima i na imanjima oduzetim Srbima,
c) – u odborima i uredima za iseljivanje Srba i oduzimanje njihovog imetka.
5. Ni franjevačke župe, ni samostani ni provincije ne smiju primati na dar ni kupovati ni pokretna ni nepokretna dobra, koja su prije rata pripadala Srbima i Židovima.
6. U koliko budu u stanju, neka oci provincijali i ugledniji franjevci ulože sve sile kod vlasti i vodećih ljudi u današnjoj Nezavisnoj Državi Hrvatskoj, da se ne čine osvete, da se ne progone nevini, da se ne oduzimlje imetak i ne vrši nasilno preseljivanje Srba iz njihovih dosadašnjih postojbina.
7. Gdje se god pruži prilika, neka franjevci uzimaju u zaštitu progonjene Srbe i Židove i pred narodnim masama i pred državnim vlastima. Ukoliko mogu neka oci provincijali i samostanske starješine oprezno i skrovito, i materijalno pomažu progonjenu i potrebnu braću Srbe.
8. Franjevci ne smiju imati nikakva udjela u nasilnom i masovnom prevadjanju pravoslavnih na katoličku vjeru. Nikakvu pravoslavnu župu ne smiju primiti na upravu, sve da im je preuzv. gg. Mjesni Ordinariji ponude. Naravno pojedinačni prelazi na kat. Vjeru iz uvjerenja i u punoj slobodi dozvoljeni su i poželjni danas kao i uvijek.
9. Sa franj. župa, gdje su katolici izmiješani sa Srbima i drugim inovjercima valja ukloniti dušobrižnika (župnike i kapelane) koji su naprasiti i nerazboriti, i na njihovo mjesto postaviti zrele ljude, dobre i oprezne.
10. Ako bi se koji franjevac, zanesen narodnom suverenošću ogriješio o dužnu snošljivost prema inovjercima i o kršćansku ljubav prema bližnjemu, ima se kazniti prema težini svoje pogreške, na prvom mjestu s premještajem u drugi kraj, gdje neće imati prigodu za slične prestupke.
Dokument sličan ovome, posve jasan i precizan, nije izdala nijedna crkvena institucija tijekom Drugoga svjetskog rata, pa on zacijelo predstavlja jednu od svjetlijih stranica povijesti Katoličke crkve na južnoslavenskom prostoru.
Ustaški aparat
Ovim se uputama tijekom Drugoga svjetskog rata striktno ravnala uprava Franjevačke provincije Bosne Srebrene, zbog čega su tadašnje crkveno-političke vlasti, pa i stanovit dio samih bosanskih franjevaca, teretili neke od članova uprave za tobožnje otuđenje od naroda, za nedostatak odanosti prema hrvatskoj državi i poglavniku, za razaranje jedinstva hrvatskoga naroda i Crkve, itd.
Začuđujuće je u kojoj se mjeri i danas istovjetne i aktualne neutemeljene optužbe upućuju pojedinim bosanskim franjevcima koji kritički propituju današnju društveno-političku stvarnost u BiH.
Dva ratna bosanska provincijala fra Anđeo Kajić i fra Krunoslav Misilo, pozivajući se na ovaj dokument i usprkos nemalim otporima u lokalnoj Crkvi i u vlastitoj franjevačkoj zajednici, nisu dopustili nijednom franjevcu sudjelovanje u ustaškom aparatu, tako da od dijecezanskih svećenika i franjevaca u NDH koji su aktivno sudjelovali u ustaškoj državnoj administraciji, nijedan nije bio bosanski franjevac. Fra Anđeo Kaić poduzeo je odlučne korake koji su rezultirali izbacivanjem iz Reda fra Tomislava Filipovića zbog njegova približavanja ustaškom pokretu i nazočnosti prilikom pokolja srpskih civila u banjolučkom kraju u veljači 1942. g.
U tom vremenu opće euforije, kad nije bilo uputno podvrgavati kritici ponašanje hrvatskih političara i crkvenih ljudi, pojedini su bosanski franjevci, koje neki zbog toga nazivaju „slugama komunističkoga režima“, napisali ove retke:
1. „Moj dragi Fra Frano, ja živim medju zvijerima, koje su zinule, da proždru ovo stado Gospodnje. Sve tobože u ime hrvatstva, a pravo radi pljačke. Da jednu napomenem. Ne čudim se, što pale crkve i ubijaju svećenike. Ima i na nama krivice. Mi ne znamo zlatne one sredine. Ja nikada nijesam krio svoga hrvatstva, ali sam uvijek bio svima sve, jer smo božji apostoli. Sv. Pavao je tu najbolji uzor“. (Fra Marijan Jakovljević u pismu fra Frani Lipovcu)
2. „Naš episkopat treba da javno ustane protiv ove pojave, i to jednom skupnom poslanicom, kojom se ova zlodjela osuđuju, a vjernici pozivaju, da ne samo pasivno nego i aktivno ustanu protiv ovih krvnika i izroda. Dosada je, mostarski biskup, fra Alojzije Mišić ustao svojom okružnicom protiv ove pojave osvećivanja, naredivši i teške kazne protiv zločinaca.
Ali je potrebno, da svi biskupi, kao predstavnici službeni Katoličke crkve, zajedno dignu glas protiv ovog u nebo vapijućeg grijeha. Ako se bude pustilo, da se i dalje ovako proganja Srbe, nastati će među nama nepremostivi jaz i mržnja, koju će onda naši neprijatelji iskorišćavati na našu vlastitu propast i istrijebljenje“. (Provincijal fra Anđeo Kaić o šutnji crkvene hijerarhije pred zločinima ustaškom režima).
Moglo bi se ovdje citirati još mnoštvo tekstova fra Josipa Markušića, fra Alojzija Mišića, fra Bone Ostojića, fra Rastka Drljića, fra Željka Džaje, fra Krunoslava Misila i još nekih hrabrih ljudi kojima zahvaljujemo što se povijest Katoličke crkve u Drugom svjetskom ratu ne može pisati u crno-bijeloj tehnici. Endehaška je epizoda uzrokovala mnoge nevine žrtve, a hrvatski je narod, tj. „obični“ puk, zaveden od svojih vođa koji su potkraj rata pobjegli u inozemstvo, platio visoku cijenu kad je komunistička vlast u poraću pokrenula okrutnu i zločinačku odmazdu nad mnogim nevinim ljudima.
Druga neslavna epizoda u novijoj povijesti hrvatskoga naroda u BiH vezana je za projekt osnivanja tzv. Hrvatske republike Herceg-Bosne, tvorevine nastale s ciljem razbijanja BiH i iseljavanja bosanskih Hrvata iz njihovih stoljetnih obitavališta. Dok se danas i među hrvatskim pukom, doduše uz tešku muku i probleme, ipak nekako probila svijest da je ustaški režim imao zločinački karakter i da je Ante Pavelić izdao svoj narod, o Herceg-Bosni kod mnogih još uvijek vlada mišljenje da je tu posrijedi bio ipak dobar projekt.
Zaboravljaju se logori, ubijanja i protjerivanja nehrvatskoga stanovništva, činjenica da se cjelokupnom vodstvu te tvorevine danas zbog zločina sudi u Haagu, da su rezultati te politike katastrofalni na svim područjima, da su bosanski Hrvati tom politikom planski preseljavani u Hrvatsku i u Hercegovinu, itd.
Confessores
Dok su zbog politike ustaškoga režima nakon rata jednaku cijenu platili i bosanski i hercegovački Hrvati, projekt Herceg-Bosne nanio je nesagledivu štetu upravo bosanskim Hrvatima. U zadnje se vrijeme s različitih adresa čuju zahtjevi za uspostavljanje nove verzije Herceg-Bosne, tj. trećega entiteta ili, eufemistički kazano, četiriju federalnih jedinica (tri plus distrikt Sarajevo), čime se zapravo planira do kraja završiti projekt izdaje preostalih bosanskih Hrvata. Želi se na jednom malenom teritoriju napraviti feud u kojem će se sve raditi, tobože u ime interesa hrvatskog naroda, a zapravo radi lakše pljačke i kontrole svih sfera života.
Teško se ne složiti s Dragom Bojićem kad kaže da “odgovornost za prvu Herceg-Bosnu i njezina zla snose dijelom i njezini simpatizeri iz Crkve, prije svega u Hercegovini, koja nikad nije ni osudila te zločine niti se usprotivila takvoj politici. Ako u planiranju stare Herceg-Bosne nisu mogli puno utjecati, odgovornost za novu Herceg-Bosnu tiče se prije svega bosanskog dijela Katoličke crkve i franjevačke provincije Bosne Srebrene.
“Ukoliko se i dalje nastavi dvadesetogodišnja šutnja crkvenih krugova na lošu politiku koju su vodili i danas vode hrvatski prvaci u BiH, bit će to zoran pokazatelj da su se naši predšasnici prije skoro 70 godina, u kudikamo težim okolnostima, ponijeli časnije, odgovornije i etičnije prema svome narodu i njegovoj budućnosti, nego što to činimo mi danas, članovi ovdašnje lokalne Crkve. A hrvatskom „stožerniku“, koji je nedavno zlurado izjavio kako su u Sarajevu „ostali samo oni Hrvati koji ništa ne razmišljaju i koji nisu imali gdje otići“, najbolje je odgovoriti riječima velikog fra Josipa Markušića:
„Ako me tko pita: zašto smo ostali tu gdje smo se našli u tolikim opasnostima, što imam reći? Ali najprije – što je zapravo opasnost u velikom vremenu?! Jedina je opasnost, da se ne pokažeš čovjekom. Smrt je manja opasnost. Ostali smo zato, da i za budućnost skupa sa svojim narodom vazda živimo i hrvatski i katolički, a sa svima ostalim u najljepšim odnosima i stvarno bratski.
A da smo se uklonili nekud, bi li bolje bilo po katoličanstvo i hrvatstvo – to mi pitamo?! Ostali smo, da i mi posvjedočimo za istinu, svoje ideale i vjerovanja. Nismo bili političari, već jedino ispovijedaoci (confessores). Ostali smo, jer je tako pravo, i jer smo smjeli ostati.“ (Arhiv franjevačkog samostana Jajce; Dobri pastir, IV-V/1955, str. 182.).